Besondere gesundheitliche Vorkommnisse werden dem Hafenärztlichen Dienst bereits vor Einlaufen in den Hafen gemeldet.

Am 01.01.2014 ist das Gesetz zur Durchführung der Internationalen Gesundheitsvorschriften und die damit erforderliche Änderung des niedersächsischen Gesundheitsdienstgesetzes in Kraft getreten. Hierdurch sind die Aufgaben des Hafenärztlichen Dienstes dem Landkreis Cuxhaven zugewiesen worden.

Genaue Inspektionen der Schiffe sollen grenzüberschreitende Ausbreitung von Krankheiten verhüten und bekämpfen, um Gefahren für die öffentliche Gesundheit abzuwenden. Dabei wird insbesondere auf Fragen der allgemeinen Hygiene und insbesondere der Küchen- und Lebensmittelhygiene eingegangen, auch Trinkwasser wird an Bord kontrolliert.
Hierzu werden die Schiffe vom Hafenärztlichen Dienst besucht. Allerdings ist es nicht immer leicht, auf das Schiff zu kommen, da zum Teil auch Schiffe auf Reede besucht werden müssen. Manchmal muss der Hafenärztliche Dienst auch von einem Schiff auf das andere übergesetzt werden.

Besondere gesundheitliche Fragestellungen werden von dem Hafenarzt beantwortet.
Nur in besonderen gesundheitlichen Krisensituationen werden Schiffe umgeleitet nach Wilhelmshaven, dem einzigen Tiefwasserhafen in Niedersachsen.

Eine Besonderheit ist noch erwähnenswert: der Hafenärztliche Dienst des Landkreises Cuxhaven ist auch zuständig für den Hafen in Stade-Bützfleth. Hierfür ist durch die neue Gesetzesstruktur eine Zweckvereinbarung zwischen dem Landkreis Stade und dem Landkreis Cuxhaven erforderlich geworden.