§ 8 NNatG legt fest, dass Eingriffe die Leistungsfähigkeit des Naturhaushaltes und das Landschaftsbild nicht mehr als unbedingt notwendig beeinträchtigen dürfen. Die Unterlassung vermeidbarer Beeinträchtigungen bei einem Eingriffsvorhaben ist demzufolge das erste und wichtigste Anliegen der Eingriffsregelung. Dieses hat insbesondere zur Folge, dass zu prüfen ist, ob das Vorhabensziel durch eine beeinträchtigungsärmere Vorhabensvariante oder -modifikation erreicht werden kann. In der Praxis kann dieses beispielsweise eine Änderung der Linienführung einer neuen Straße in der Planungsphase erforderlich machen, um für den Naturschutz wertvolle Lebensräume (= Biotope) zu umgehen.

Viele Probleme in der Praxis der Eingriffsregelung resultieren daraus, dass dieser Aspekt nicht hinreichend berücksichtigt worden ist; vielfach wird die untere Naturschutzbehörde erst in einer Phase beteiligt, in der derartige Vorhabensvarianten oder -modifikationen nur mit einem unverhältnismäßig hohen Aufwand zu erreichen sind.

Bei unvermeidbaren Beeinträchtigungen durch Eingriffe, die gemäß § 9 NNatG

ist der Verursacher eines Eingriffs verpflichtet, die Beeinträchtigungen durch Ausgleichsmaßnahmen und/oder Ersatzmaßnahmen zu kompensieren; dieses bedeutet, dass nach Beendigung des Eingriffs keine erhebliche Beeinträchtigung der Leistungsfähigkeit des Naturhaushaltes und des Landschaftsbildes zurückbleiben darf.

Die Reihenfolge der Möglichkeiten der Eingriffsregelung – Vermeidung, Ausgleich, Ersatz – stellt eine Rangfolge abnehmender Effizienz der Kompensation der Eingriffsfolgen dar. Daher kann der Verursacher nicht frei zwischen Vorkehrungen zur Vermeidung sowie Ausgleichsmaßnahmen und Ersatzmaßnahmen wählen. Priorität haben Vorkehrungen zur Vermeidung von Beeinträchtigungen vor Ausgleichsmaßnahmen; Ausgleichsmaßnahmen wiederum haben Priorität vor Ersatzmaßnahmen.

Sind Ausgleichs- oder Ersatzmaßnahmen nicht oder nur unter unverhältnismäßigen Aufwendungen möglich, hat der Verursacher des Eingriffes eine Ersatzzahlung zu leisten (§ 12 b NNatG). Die Höhe der Ersatzzahlung wird mit dem Zulassungsbescheid festgesetzt. Sie beträgt höchstens 7 % der Planungs- und Ausführungskosten des Vorhabens, durch das der Eingriff verursacht wird, wenn Ausgleichs- oder Ersatzmaßnahmen nicht möglich sind. In allen übrigen Fällen berechnet sich die Ersatzzahlung nach den Kosten für die Planung und Durchführung der unterbliebenen Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen.
Die Ersatzzahlung steht den unteren Naturschutzbehörden zu und ist zweckgebunden für die Verbesserung des Zustandes von Natur und Landschaft zu verwenden.

Die Eingriffsregelung strebt materiell die Sicherung des "Status quo" ihrer Schutzgüter an, d.h. die Sicherung der derzeitigen Funktionen und Werte des Naturhaushaltes und des Landschaftsbildes.

Verfahrensrechtlich ist die Eingriffsregelung kein eigenständiges öffentlich-rechtliches Verfahren, sondern weitgehend in die Verfahren nach dem jeweiligen Fachplanungsrecht (Straßenbau, Flurbereinigung usw.) integriert. Die Anwendung der Eingriffsregelung erfolgt im "Huckepack-Verfahren", wobei der zuständigen Behörde die Verwirklichung der Naturschutzziele im Rahmen der durch das Niedersächsische Naturschutzgesetz erweiterten, für sie geltenden gesetzlichen Bestimmungen mit auferlegt wird. Ein gestattender Verwaltungsakt darf nur ergehen, wenn er alle Eingriffsfolgen den Verpflichtungen der Eingriffsregelung gemäß bewältigt. Daher liegt die Verantwortung für die zu treffenden Entscheidungen und für die Einhaltung der Vorschriften der Eingriffsregelung weitgehend bei den jeweils für die Durchführung des Verfahrens zuständigen Behörden im Benehmen mit der Naturschutzbehörde.